بني المسجد الكبير (المسجد العتيق حاليا) داخل القلعة البرتغالية "مازكان" بأمر من السلطان العلوي مولاي عبد الرحمان بن هشام (1822-1859م) في إطار أعمال ترميمه وإعادة تأهيله لهذه القلعة خلال عشرينيات القرن التاسع عشر الميلادي، وذلك بغرض تشجيع المغاربة المسلمين على الإقامة والعيش بداخل القلعة البرتغالية. 

ويشرف هذا المسجد على الساحة المركزية للقلعة (Praca Terreiro) ، غير بعيد عن الكنيسة البرتغالية "سيدة الصعود". 

ويتميز هذا المسجد بمئذنته الفريدة ذات الأوجه الخمس التي توجد فوق برج الرباط أحد أبراج المراقبة في الحصن البرتغالي الأول. وكان هذا الأخير يمثل أعلى أبراج هذا الحصن، حيث كان يعلوه عمود دائري للإشارات للتبليغ عن أية هجمات مرتقبة.

تم تحويل برج الرباط إلى مئذنة للجامع الكبير بعد سنة 1880م، في عهد السلطان مولاي الحسن الأول (1873–1894م). وذلك حتى يتمكن الناس من سماع الآذان للصلاة بصوت أعلى، نظرا لعلو المنارة الجديدة مقارنة مع المنارة القديمة للمسجد. وقد تم ربط البرج المحول بالمسجد بواسطة جسر صغير تعلوه غرفة صغيرة. المئذنة الأصلية لمسجد مازكان هي رباعية الأوجه وهي مازالت قائمة للآن بمحاذاة الجامع في الواجهة المشرفة على الزقاق.